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2006年為配合NDS版（鉆石、珍珠版）的上市TV動畫同步推出全新系列《神奇寶貝鉆石&珍珠》（Pokémon Diamond & Pearl簡稱DP）對戰開拓區篇結束后小遙為了獨自挑戰城都地區的華麗大賽和小智告別小勝回到了橙華道館小剛也回家去了小智則受到了小茂的激勵獨自帶著皮卡丘和偷渡的長尾怪手前往神奧地區挑戰聯盟 　　新登場的女主角小光其藍本取自電玩NDS版為了成為頂尖協調訓練家小光從家鄉雙葉鎮來到了位于真砂鎮的山梨研究所領取最初的神奇寶貝而同一時間小智也抵達神奧地區并在那里和小剛再度會合機緣巧合小光救了被火箭隊抓走的皮卡丘三人就一同結伴旅行展開了新的旅程 　　《神奇寶貝珍珠&鉆石》每周四在日本首播臺灣也由中視進行轉播網絡上能夠找到前105集的國語配音